Их возможному положительному развитию препятствовали случаи принятия этой церковью в свою юрисдикцию клириков Московского патриархата, запрещённых в священнослужении за различные нарушения канонической дисциплины. Однако первосвятитель отметил то обстоятельство, что среди епископата РПЦЗ становится заметным стремление к поиску взаимоприемлемых форм диалога с Московским патриархатом. Обратившись к положению православных общин в Китае, патриарх сказал, что, поскольку Китайская автономная православная церковь не имеет своего предстоятеля, до его избрания поместным Собором этой церкви исполнение его обязанностей лежит на предстоятеле Матери-Церкви – Патриархе Московском и всея Руси. В разделе доклада, посвящённом межконфессиональным и межрелигиозным отношениям, патриарх, отметив добрый характер взаимоотношений Русской церкви с древними Восточными (дохалкидонскими) церквами, сосредоточил основное внимание на проблемах, возникших в отношениях с Римско-католической церковью, главным образом, из-за униатской экспансии в Галиции и других регионах Украины, активизации униатов в Белоруссии и прозелитической активности Ватикана в России и в других странах на канонической территории Московского патриархата. На трёх встречах представителей Русской православной и Римско-католической церквей, состоявшихся в 1995–1996 гг. в Москве и Риме, были достигнуты договорённости о запрете на прозелитизм, об исключении насилия в решении спорных вопросов о принадлежности храмовых зданий. Однако, несмотря на соглашения, межконфессиональная напряжённость между православными и греко-католическими общинами сохраняется, в ряде мест Западной Украины греко-католики при поддержке местных властей продолжают силой удерживать ранее захваченные у православных храмы, многие из которых по решению местных судебных инстанций должны быть переданы православным верующим. Вместе с тем Алексий II в докладе на архиерейском Соборе отметил, что существует и ряд положительных примеров сотрудничества православных и католиков в области благотворительности, миротворчества, в научно-богословской сфере. Обратившись к взаимоотношениям с протестантским миром, патриарх положительно оценил результаты ряда собеседований с протестантскими церквами и в то же время резко осудил прозелитическую активность, которая наносит вред международной христианской солидарности. Отдельный раздел доклада патриарха был посвящён отношениям церкви с государством и светским обществом, которые в целом характеризовались отсутствием зависимости и давления.