В докладе патриарха Алексия Собору отмечалось, что, несмотря на спад активности псевдохристианских и псевдорелигиозных сект и государственный запрет на деятельность наиболее одиозных из них («Белого братства» и «Аум Синрикё»), по-прежнему активны движения гностического типа: теософы, антропософы, рериховцы, а также оккультные группы и организации разных толков – астрологи, экстрасенсы и целители, резко возросло число сатанистских сект. Секты проникают в школы и вузы, активизируют свою деятельность в медицинских учреждениях. Архиерейский Собор направил письмо председателю и депутатам Государственной Думы, в котором предложил поставить правовой заслон бесконтрольной деятельности в России деструктивных псевдорелигиозных организаций и зарубежных миссионеров. Отдельный раздел доклада патриарха был посвящён церковной благотворительности и социальному служению. Алексий II отметил, что расширение политических и гражданских прав и свобод не должно обернуться крушением социальных прав и свёртыванием социальных программ. Церковь приняла ряд мер по социальной защите своей паствы: было открыто несколько церковных больниц, организованы курсы для подготовки сестёр милосердия, создан ряд школ-приютов для сирот и детей из неблагополучных семей, гуманитарная помощь была предоставлена многочисленным беженцам из «горячих точек». РПЦ, по мнению патриарха, должна стать полноправным субъектом такой социальной политики, которая смогла бы улучшить ситуацию в стране. Учебный комитет РПЦ в межсоборный период продолжил свои труды по созданию новой программы духовного образования и определению стандарта высшего богословского образования. Архиерейский Собор обратил внимание на сокращение числа рукоположений среди учащихся и выпускников духовных школ и предложил в новой программе усилить религиозно-нравственный аспект воспитания семинаристов. Собор отметил рост числа воскресных, церковноприходских и монастырских школ в России (1550, в них воцерковлялись и обучались более 72 тыс. детей и 5 тыс. взрослых), православных школ и гимназий (40), к 1997 г. в России существовали также два православных университета. Собор отметил, что церковь через собственные просветительские учреждения не сможет удовлетворить потребности населения в духовном образовании, в связи с чем было признано необходимым добиваться введения в школьные программы преподавания основ православной культуры и нравственности, организовать поддержку церковью лучших разработок в области современных учебных пособий по этим предметам для государственной системы образования.