Во вступительной речи патриарх затронул все вопросы повестки дня, в первую очередь, остановившись на реформе приходского управления, которая предусматривала разграничение «обязанностей клира приходского, в частности настоятелей, и исполнительных органов». «Такое разграничение обязанностей, – сказал он, – находит своё оправдание в известном из книги Деяний святых апостолов апостольском решении служителям Церкви пребывать в молитве и служении слова, а заботу о столах (хозяйстве) передать избранным из среды церковной лицам (Деян. 6:2–3)». Патриарх не умолчал и о том, что с постановлением Синода об устранении духовенства из двадцаток и приходских советов открыто не согласились некоторые из действующих архиереев, которые настаивали на том, что реформа приходского управления противоречит «Положению об управлении Русской Православной Церкви», принятому поместным Собором 1945 г., архиерейский же Собор, согласно всё тому же «Положению», являлся инстанцией нижестоящей по отношению к поместному Собору. Этими возражениями прикрывались более серьёзные опасения, которые не могли быть высказаны в открытой форме. В своём выступлении патриарх Алексий отметил, что «умный настоятель, благоговейный совершитель богослужений и, что весьма важно, человек безукоризненной жизни всегда сумеет сохранить свой авторитет в приходе. И будут прислушиваться к его мнению, а он будет спокоен, что заботы хозяйственные уже не лежат на нём и что он может всецело отдаться духовному руководству своих пасомых». Однако для большинства настоятелей, лишившихся властных полномочий в приходе, удержать приходскую жизнь от духовного разорения, опираясь исключительно на свой религиозно-нравственный авторитет, представлялось малореальным. Это и вызывало озабоченность и несогласие епископов, выступивших против введения реформы. Доклад о реформе приходского управления сделал новый постоянный член Синода Тульский архиепископ Пимен (Извеков), приведя доводы в пользу реформы, ранее использованные В.А. Куроедовым в беседе с патриархом и членами Синода. Все архипастыри, участвовавшие в обсуждении этой темы – Крутицкий митрополит Питирим, Одесский митрополит Борис (Вик), Минский архиепископ Варлаам (Борисевич), Саратовский архиепископ Палладий (Шерстенников), Кишинёвский архиепископ Нектарий (Григорьев), – поддержали внесение изменений в «Положение об управлении Русской Православной Церкви», подчеркнув, что освобождение настоятеля от административно-хозяйственных обязанностей даст ему больше времени и возможностей для того, чтобы сосредоточиться на главном – на духовном окормлении паствы. По результатам обсуждения архиерейский Собор одобрил изменения, касающиеся четвёртого раздела («О приходах») «Положения об управлении Русской Православной Церкви», и утвердил журнальное постановление Священного Синода от 18 апреля 1961 г. о мерах по улучшению существующего строя приходской жизни и по приведению его в соответствие с гражданским законодательством «О религиозных объединениях» в СССР.