Вместе с тем Джафар стал причиной крупнейшего раскола в шиитском движении. После того как он, вопреки традиции, лишил права на имамат своего старшего сына Исмаила и провозгласил наследником младшего сына Мусу Казима, часть шиитов, получивших наименование исмаилитов , сочла этот акт незаконным, что и послужило причиной образования секты. Поскольку Исмаил умер раньше отца, исмаилиты признали своим главой и седьмым имамом сына Исмаила Мухаммада. Он же считался у представителей этой секты последним «видимым» имамом. В отличие же от исмаилитов, большая часть шиитов почитает не семь, а двенадцать святых имамов. Двенадцатый – имам Мухаммад, родившийся в 873 г, таинственным образом исчез, когда был еще ребенком. Поскольку никто не видел его умершим, считается, что он взят Аллахом и должен появиться перед концом света в образе Махди (Спасителя), чтобы восстановить в мире справедливость.

Некоторое время секта исмаилитов не имела большого влияния, а ее учение на протяжении ста лет не отличалось особой оригинальностью. Новый импульс ее деятельности дал в середине IX в. иранский проповедник Абдаллах ибн Маймун аль-Кеддах (по прозвищу «Окулист»). Под влиянием своего отца, глазного врача, который всю жизнь с увлечением занимался алхимией, Кеддах уже в юности приобщился к тайным наукам. По характеру он был человек ловкий и честолюбивый. Возглавив в 864 г. секту исмаилитов, Кеддах в короткий срок ее реформировал и придал ей замечательно хитрую и сложную организацию. Он же разработал принципиально новое вероучение, выделившее исмаилитов среди других течений шиитского ислама. В основе этого вероучения лежал догмат о «скрытом имаме».

Кеддах говорил о том, что мир никогда не был лишен имама, только не всегда имам был виден людям. Исчезновение и появление имама в мире можно уподобить появлению и исчезновению света и тьмы, т.е. дню и ночи. На «явную» и «скрытую» делилась и доктрина исмаилитов: существовала «внешняя», как бы официальная, доктрина и «внутренняя», тайная, и каждому пункту внешней доктрины соответствовал углубляющий его значение пункт внутренний. Внешняя доктрина мало чем отличалась от общего учения шиизма, кроме положения о седьмом имаме. Внутренняя состояла из двух частей: аллегорическое истолкование Корана и системы философии, содержащей в себе элементы иудейского и христианского вероучений, а также мистики и магии (хакаика). Кеддах говорил, что каждое слово Корана имеет двойной смысл – очевидный и скрытый, причем извлечение скрытого текста из явного не менее важно, чем открытие священного текста пророком.

Согласно доктрине исмаилитов, молиться Аллаху нельзя, поскольку он не имеет ни определенного образа, ни свойства, ни качества и вследствие этого непознаваем для людей. Кеддах утверждал, что процесс миротворчества распадается на несколько этапов, и еще в самом начале Верховный Бог усилием воли выделил из Себя творящую субстанцию – Мировой Разум. Пророк, или натик (т.е. «говорящий»), есть отражение Мирового Разума в чувственном мире. Свое откровение он получает непосредственно от Бога.