Во второй половине IX в. папа Николай I утвердил-таки папскую власть не только над архиепископами и епископами, заявив, что им нельзя занять престол без его согласия, но и над императорами, заявив, что короли не имеют права судить священников, и что священники не подлежат юрисдикции королей. Однако опять же такие утверждения были важнее для будущего, чем для своего времени. Они нимало не изменили реальности императорской, королевской, местной феодальной власти мирян над Церковью. Более того, в конце IX, в X и в начале XI вв. престиж папства упал до самой низкой отметки, а поднять его пытались императоры.

Первенство епископа Рима над другими епископами дало королю германцев повод каждые несколько лет приводить в Рим из-за Альп свою армию, чтобы всякий раз подтвердить свои императорские притязания на роль защитника Рима от знати Ломбардии, Тосканы и Рима.

Духовная власть императоров в XI в. становилась все большей аномалией, поскольку симония и николаизм пустили слишком прочные корни, которые императорам было не под силу вырвать. В 1046 г. подчинение епископов Рима императору стало не только ненормальным, но прямо-таки скандальным, когда Генрих III, явившись в Рим для празднования своей коронации, проследил за тем, чтобы были низложены трое соперничающих пап, а избран четвертый. Его протеже умер через несколько месяцев на своем посту, а второй ставленник прожил всего несколько недель. Говорили, что обоих отравили римские группировки, которым не нравилось вмешательство императора в городские дела. Третий папа, Лев IX, хотя и приходился Генриху близкой родней и другом, отверг концепцию папства как императорской епархии и утвердил не только свою независимость, но и свою власть над всеми другими епископами и духовенством, даже за пределами империи.

При нем группа его ставленников во главе с Гильдебрандом составила партию, которая выдвинула и пропагандировала идею папского главенства над Церковью. Именно Гильдебранд, уже в качестве папы Григория VII, обратил реформаторское движение в Церкви против той самой императорской власти, к которой стремились клюнийские реформаторы. Он пошел дальше своих предшественников и провозгласил юридическое верховенство папы над всеми христианами и юридическое верховенство клира, руководимого папой, над светскими властями. Более того, Григорий VII провозгласил, что все епископы назначаются папой и подчиняются непосредственно ему, а отнюдь не светским властям. Гордый, волевой и властный, он без колебаний применил революционную тактику для достижения своих целей. Его соратник в борьбе за верховенство папы Петр Дамиани как-то назвал его «мой святой сатана» и сказал: «Твоя воля всегда была для меня приказом – злым, но законным. Хотел бы я так верно служить Богу и святому Петру, как служил тебе». Так, например, в 1075 г. Григорий приказал всем христианам бойкотировать священников, живших в браке или внебрачном сожительстве, и не принимать их услуг в отношении таинств и пр. Таким образом, священники вынуждены были выбирать между своими обязательствами перед женами и детьми и обязательствами перед своими прихожанами. В результате сопротивления этому решению в церквах происходили открытые мятежи. Тех, кто выступал против брака духовенства, избивали и забрасывали камнями.