Когда империя и официальная византийская Церковь вернулись к православию, и на кафедрах Рима и Византии явились Николай I и Фотий, искренние и энергичные представители идеи своих Церквей, – тотчас сказалось, как далеко зашла рознь. Единство было уже чисто внешнее; для его сохранения ни та, ни другая сторона не хотела жертвовать своей самостоятельностью и своеобразием. В 857 г. кесарь Варда, всесильный дядя императора Михаила III Пьяницы, был отлучен от причастия патриархом Игнатием по надуманному поводу. За это Варда низложил Игнатия и поставил в патриархи Фотия. В законности этого постановления можно было очень сомневаться, т.к. Игнатия устранили без суда, светской властью, и никак не могли принудить к отречению. В результате в константинопольской Церкви возник раскол.

Спор Игнатия и Фотия был вовсе не личный, и его нельзя оценивать с этой точки зрения. В лице Игнатия на византийский патриарший престол вошла монашеская партия «зилотов» – крайних аскетов, консерваторов, образовавшихся как крайняя степень противодействия реформационным и светско-научным стремлениям иконоборцев. Фотий же принадлежал к православной партии «политиков», которые высоко ценили науку, преклонялись перед военными и законодательными заслугами иконоборцев и требовали не застоя, а движения далее в колее православия. Свержение Игнатия было отпором Варды «зилотству», которое грозило превращением империи в монастырь, и ее политическим крушением. «Зилоты» были правы только в том, что «политики» бывали нередко чересчур усердными союзниками правительства и сквозь пальцы смотрели на цезаропапизм.

Игнатиане не покорились решению Собора (859 г.), отлучившего Игнатия за непокорство Церкви и утвердившего Фотия, а в их числе были очень влиятельные люди, например, студийский игумен, ученик Феодора, Николай Исповедник. Поэтому в 861 г. состоялся новый Собор, в котором участвовали папские легаты, подписавшие утверждение Фотия вопреки данным им полномочиям – папа поручал им лишь расследование дела, а право решения оставлял за собой. Некоторые недовольные игнатиане бежали в Рим и изложили дело (со своей точки зрения) в форме апелляционной жалобы папе от лица Игнатия на суд Собора. Ревность к делу своей партии увлекла игнатиан так далеко, что в защите свободы своей Церкви от светской власти они готовы были предать эту самую свободу папам, формально признав римский примат, в римском его толковании. Началась переписка, из которой выяснилось, что император и Фотий считали спор домашним делом патриархата и ожидали от папы не суда, а лишь чисто формального признания свершившегося факта. Сам папа намекал, что он не прочь согласиться с Собором, если Фотий уступит Риму фессалоникское викариатство, входившее некогда в римскую церковную область. Фотий отвечал, что это дело императора, а в случае перенесения дела на суд Вселенской Церкви соглашался признать за папой лишь такой же голос, как и за прочими патриархами. Тогда папа Николай I собрал Собор в Риме (863 г.), наложил вето на решения Собора 861 г., отлучил от Церкви своих легатов, подписавших эти решения, объявил Фотия лишенным священства и отлученным, а Игнатия – законным патриархом. В Константинополе пока смолчали, но Фотий и не думал оставлять кафедру.