Видимо, не за это, поскольку спор кажется несколько запоздалым: уже более десяти лет Константина не было в живых. Тем не менее, после смерти Никифора Феодор Студит опять торжественно вернулся в свой монастырь. Не прошло и трех лет, как ему пришлось вступить в новую борьбу: возобновилось иконоборчество. Когда Лев V Армянин созывал Собор против почитания икон, Феодор Студит сказал ему: «Не нарушай мира Церкви; Бог поставил в Церкви иных апостолами, других пастырями учителями, но не упомянул о царях; оставь Церковь пастырям и учителям. Если бы сам ангел сошел с неба и стал извещать истребление веры, то не послушаем и его».

Феодор Студит видел в иконоборчестве нарушение свободы Церкви, а с догматической стороны усматривал в отрицании видимых изображений Христа умаление полноты Его человеческой природы, противление Его воли, пославшего царю Авгарю Свой нерукотворный образ. Он не был глубоким догматиком, как Иоанн Дамаскин, но был борцом за современное ему православие. В частности, он был заключен и даже сослан за устроенный им крестный ход с иконами. Биография, в которой рассказывается о его мучениях и скитаниях, была составлена двумя поколениями позже, и не все в ней можно принять на веру. Пишут, что даже в темнице Феодор продолжал борьбу, апеллируя к патриархам, прежде всего к папе, которому «Христос вручил ключи веры». Источники не уточняют, к какому именно папе апеллировал Феодор, но, видимо, к папе Евгению II, вошедшему в историю своей беспринципностью. Об этом свидетельствует такой факт. В разгар иконоборчества ему нужно было принимать ту или иную сторону. Сам-то он был сторонником культа икон, но это не совпадало с мнением императора. Тогда был созван Собор, который вынес решение: «Всякая икона по закону Божьему является кумиром, но всякое поклонение ей – идолопоклонство».

Среди современников Феодор Студит пользовался громадным влиянием; его завещание ежегодно читалось во время службы в Студийном монастыре. Студийный монашеский устав, видимо, не был записан им самим, но вскоре после его смерти кем-то из братии было составлено на его основе «Изображение установления (т.е. порядков) обители Студийской». Этот устав получил большое распространение, в частности, в монастырях Южной Италии. Для потомства Феодор Студит является одним из главных учителей аскетизма и апологетом иконопочитания. Его главное теоретическое сочинение – три книги «Опровержений», из которых первые две написаны в форме диалога между православным и еретиком, третья же излагает учение о видимом образе Христа в форме опровержения, по пунктам доводов, представленных иконоборцами.