В 649 г., по его совету, папа Мартин собрал в Риме большой Собор из 150 западных епископов (известный под названием Латеранского), на котором было вынесено четкое и решительное догматическое постановление о неслитном двойстве естественных волений во Христе. Все эти действия были оценены в столице как раскольнические. В 653 г. новый император Констанс II велел заключить папу Мартина и Максима под стражу и доставить их в Константинополь.

С этого времени началась пора мученических подвигов Максима. Босой, без одежды, со скованными руками он был с позором проведен по улицам Константинополя и затем заключен в темнице. На суде его обвинили не только в церковном расколе, но и в том, что, будучи в Африке, он способствовал передаче тамошних провинций под власть мусульман. «Какое дело мне, иноку, – отвечал Максим, – до завоевателей городов, и мог ли я, как христианин, иметь общение с сарацинами?» Судьи вызвали нескольких лжесвидетелей, Максим легко развеял их клевету, но не добился тем облегчения участи ни для себя, ни для своих соратников. Папу Мартина вскоре сослали в Херсонес, где он и умер от голода. Участь Максима была еще печальнее, т.к. враги во что бы то ни стало хотели добиться его публичного раскаяния. Высланный вначале в городок Визию во Фракии, он в 655 г. был переведен в монастырь св. Феодора в Константинополе. Максиму вернули книги, вещи, дали возможность пожить в хороших условиях, а потом стали добиваться от него если и не отказа от своей веры, то, по крайней мере, молчания. Просили его оставить обсуждение спорных вопросов и не поднимать свой голос против императора, но Максим отказался. Его спрашивали, почему он не хочет иметь общения с константинопольским престолом, Максим отвечал, что когда он увидит Константинопольскую Церковь прежней, очищенной от ереси, тогда он с радостью обратится к ней и будет сыном ее. Как и раньше, ему указали на то, что новое исповедание веры не является волей одного императора, но принято на Соборах епископов. Максим возразил, что, напротив, исповедание это было осуждено Римским собором. «Не имеет значения этот собор, – говорили ему, – потому что он созван был без императорского повеления». Максим отвечал: «Если утверждаются только постановления Соборов, созванных по царскому повелению, то не может быть православной веры». Ему указывали на неполитичность его поведения, ибо в тот момент, когда империи грозит нашествие мусульман, он воздвигает церковный раскол, сеет смуты и волнения. Затем передали Максиму не приказ уже, но просьбу императора вступить с ним в церковное общение. Когда Максим отказал и в этой просьбе, к нему стали подступать уже с гневом и яростью, обращаться грубо, и после многих побоев и унижений вновь отправили в ссылку в Перверу, где он пробыл пять лет в тяжелом заключении.