Однако, по византийским воззрениям, утверждение императором соборных определений вовсе не означало того, что догматическая важность и церковное значение данных актов находились в какой-либо зависимости от императорской санкции. Соборные определения сами по себе обладали достаточным авторитетом вследствие их согласия со Священным Писанием и Священным Преданием и в связи с утверждением их Вселенским Собором, выражающим голос всей Церкви. Но церковные иерархи (отцы Собора) все же предпочитали обращаться к государственной власти за утверждением соборных актов: считалось, что только принятые в согласии обеими властями церковно-государственного организма, они становились действительными для всего христоименного народа – членов Церкви и подданных императора.

Сами императоры постоянно подчеркивали, что их роль епистимонарха – это роль защитника Церкви и блюстителя ее вероучения и канонов. Вводя соборные акты в систему государственного законодательства, монархи рассматривали их как выражение Божьей воли, которая должна определять всю жизнь христианского государства, признающего Церковь в качестве носителя высшей религиозной истины. Церковь в политической системе Юстиниана I занимала особое место, но, провозгласив единство веры, Юстиниан не стеснялся применять и силу: против еретиков были устроены гонения, особым преследованиям подверглись сектанты (манихеи, монтанисты, иудеи и самаритяне), была закрыта Афинская школа. Созданный византийским императором режим нетерпимости к иноверцам станет в дальнейшем доктриной и образцом для папства.

Однако гонения Юстиниана лишь разжигали религиозные противоречия. Начали создаваться параллельные Церкви (яковитская в Сирии, коптско-монофизитская – григорианская – в Армении). Поэтому Юстиниан начал обратный процесс – поиска компромиссов с монофизитами. Но это не удовлетворяло уже римский епископат, чья задача была противоположной. Папы стали «обрабатывать» византийского императора: начал Иоанн II, а закончил Агапий I. Им удалось склонить Юстиниана и патриарха Меннеса к формальной поддержке Халкидонского собора. Агапий стал заниматься организацией нового Вселенского Собора, но вскоре умер. Император послал в Рим своего кандидата на папский престол Вигилия, личного секретаря и друга Агапия. Но королю Теодагату он был не нужен, и еще до его прибытия папой был «избран» Сильверий. Вигилий бежал из Рима после вступления в него нового остготского короля Тотилы, перебрался в Константинополь, где жил в течение десяти лет, одобряя ряд мер в пользу монофизитов. Это вызвало недовольство в Италии, Африке и Галлии. Вигилий в страхе перед расколом Церкви изменил позицию, что вызвало гнев Юстиниана.

Бурная политическая жизнь, борьба политических групп, возвышение и падение временщиков вызвали оживление жанра эпиграммы – формы лирической миниатюры, предполагающей особо высокий уровень внешней отделки (т.е. на первом месте не содержание, а форма). Но эпиграммы в эпоху Юстиниана пишут многие, и рядом с классическими образцами больших мастеров есть немало произведений подражателей, эпигонов из среды придворных и адвокатов.