Пелагий II, видя бесполезность противодействия лангобардам, вступил в мирные переговоры с оккупантами. Это противоречило замыслам Константинополя, и в 582 г. византийский патриарх провозгласил себя Вселенским, т.е. главой Восточной Церкви и равным по значению папе. Тем самым на пути обособления двух церквей – латинской на Западе и греческой на Востоке – был сделан еще один шаг. (Первый был сделан в период понтификата Феликса III, когда Рим выразил резкий протест против заигрывания с монофизитами при императоре Льве I и его преемниках – узурпаторе Василиске I и Зиноне; Зинон пытался укрепить единство Церкви декретом – «Эдиктом о союзе».)

Действия Пелагия II принесли ему не только политический, но и материальный капитал, которым он делился с лангобардскими королями (а фактически, их подкупал). Капиталы же пап в целом образовывались за счет земельных владений, передаваемых Церкви мирянами за будущее вечное блаженство. Кроме того, практически все услуги Церкви были платными. Постепенно папы стали заменять государственные учреждения по снабжению Рима продовольствием (вспомним, что причиной попыток примирения с монофизитами был страх потерять житницы – провинции Востока) и перехватили ряд административных функций, что еще более возвышало епископат в делах управления государством.

Григорий, посланный Пелагием в Константинополь ко двору Тиберия II, добивается признания законности избрания Пелагия папой, но не может получить помощи против лангобардов. Византийцы в это время еще сохраняли контроль над небольшой областью в центре полуострова с городами Римом и Равенной, но и те, казалось, вот-вот падут. Кстати, эти земли в дальнейшем легли в основу теократического государства, получившего название Папской области. Земли Равеннского экзархата, завоеванные лангобардами, отнял у них франкский король Пипин и подарил их римской Церкви в середине VIII в. Но императору тогда было не до Италии – он с трудом отбивался на востоке от персов, а на севере – от славян и аваров.

В 590 г. Рим постигла новые страшные бедствия – сначала разрушительное наводнение, а потом эпидемия, в результате которой умерло много народа, и среди них папа Пелагий (говорят также, что умер он от венерической болезни). Временное управление Церковью, как к одному из диаконов, перешло к Григорию. Он собирался избрать Пелагию преемника и вернуться к себе в монастырь, однако народ и гражданские власти единодушно потребовали от него, чтобы он стал новым папой. Узнав об этом, Григорий пришел в ужас (надо полагать, совершенно искренне, поскольку хорошо представлял себе всю тяжесть забот, связанных с исполнением должности первосвященника). Поначалу он отказывался, пытался даже скрыться из города (что, впрочем, объясняется не только стремлением к созерцательной жизни, но и установившимся в Церкви обычаем выказывать таким образом свое смирение), но народ не позволил ему уехать. Наконец, Григорий согласился принять наследие Пелагия.

Положение, в котором он оказался после своего избрания, было очень затруднительным. Сам Григорий сравнивал свою Церковь с «древним, разбитым бурею кораблем, в который со всех сторон проникает вода, так как балки его сгнили, расщеплены ежедневными бурями и грозят крушением». Самая страшная угроза исходила от лангобардов.