Судьба Нестория после его низложения была печальной. Вначале его заключение в монастыре близ Анитохии было прикрыто знаками почтения. Но в 435 г. Иоанн Антиохийский подал в столицу представление, что Несторий настаивает на своем богохульстве и совращает многих от веры. Вследствие этого был издан указ о том, чтобы все книги ересиарха были сожжены, а все собрания несториан – закрыты. Самого Нестория приговорили к ссылке сначала в уединенный город на границе с Аравией, а потом в Великий оазис на самом краю Ливийской пустыни. Место это, окруженное океаном раскаленных песков, обыкновенно служило местом заключения для опасных государственных преступников. Спустя несколько лет на оазис совершили набег кочевники. Несторий был захвачен в плен, но потом отпущен, как ни на что не годный старик. С трудом он добрался до византийских владений и сдался приграничному чиновнику, который был очень обеспокоен грузом свалившейся на него ответственности, старался не спускать с Нестория глаз и постоянно перевозил его с собой с места на место. Утомленный скитаниями, Несторий однажды упал с лошади и сильно ушиб себе бок. В месте ушиба началась гангрена. В сильнейших мучениях он умер в 440 г.

Но ересь, посеянная Несторием, не умерла вместе с ним. Не все сирийские и месопотамские епископы согласились с исповеданием антиохийского Собора. Поскольку в византийских владениях несториане подвергались гонениям, они нашли убежище в персидской части Месопотамии. Несторианство среди персидских христиан оказалось без соперников и на большом Соборе в Ктезифоне в 499 г. было провозглашено в качестве официальной религии. Было объявлено и об отделении персидской Церкви от греко-римской империи. Во главе несторианства встал католикос.

Разрыв с греческой Церковью успокоил персидское правительство, и отношение его к христианам стало лучше. Христианские общины, имевшие там своим центром место, в котором Библия помещает рай, достигли цветущего материального положения, развивали просвещение. Их Нисибийская школа разработала богословие, дала приют риторике, диалектике и даже медицине. Образованные христиане, в особенности те, которые знали искусство врачевания, служили при дворе и стояли в первых рядах правящего класса.