При таком понимании природы Спасителя Несторий отчетливо противопоставлял имена: Бог Слово и Иисус Христос, смешивать которые он считал невозможным, т.к. этим смешиваются разные природы, каждая из которых имеет собственные свойства. Например, можно ли говорить о смерти Бога Слова? Несторий отвечал отрицательно: «Если ты прочтешь весь Новый Завет, ты не найдешь там, чтобы смерть приписывалась Богу Слову, но только Христу… То же самое в отношении рождения. Можно ли говорить о рождении Бога Слова, совечного Отцу? Мария никак не может считаться Богородицей. Она – Христородица, человекородица, на крайний случай – Богоприимница, ибо она родила Того, в Ком Бог. Бог «сошел с неба», «воплотился», но не родился от Марии». Но здесь возникал следующий вопрос: если Спаситель был для Нестория только человеком, хотя и соединенным с Богом, то что же в таком случае он понимал под спасением? Это было не совсем ясно, но очевидно, что об обожении человека, как религиозном идеале, Несторий не мог и не решался говорить.

Он вынужден был прибегать к аргументам, которые не заключали ереси, но возбуждали и без того разгоряченную толпу. Предостерегая против термина «Богородица», он говорил: «Разве Бог имеет мать? Если да, то в таком случае оказывается безответным и эллин, приписывая мать богам; будет лжецом и Павел, когда говорит о божестве Христа: без отца, без матери, без роду. Нет, Мария родила не божество, потому что рожденное от плоти плоть есть; тварь родила не Творца, а человека, орган божества». Из-за таких слов ему была многими приписана мысль, что Господь есть простой человек. Говорили, что он вводит в Церковь ересь Павла Самосатского. Верным было то, что Несторий не хотел быть аполлинаристом, старался уклониться от близости к этому течению: именование «Сын Божий» он почти всегда употребляет только в приложении к «Слову воплотившемуся». Слово было Сыном Божьим до воплощения; после воплощения оно не может так называться отдельно от человеческого естества. В сущности, и Кирилл Александрийский, погубивший Нестория, учил почти так же. Он считал легкомыслием говорить, что «Тот, Кто прежде всех веков пребывает с Отцом, еще имеет нужду родиться, чтобы начать бытие». Но он делает прибавку, которая сначала смущала Нестория: акт соединения естеств надо представлять «не так, что прежде родился от Девы простой человек, а после него сошло Слово, а так, что Слово, соединившись с плотью в утробе матери, усвоило себе плоть, с которой родилось». Несторию сначала это казалось неприемлемым, но затем недоразумение исчезло, и он сам говорил, что соединение произошло с момента Благовещения. Но это заявление запоздало или не было услышано; улица стала шуметь раньше, чем разобрала суть дела. Несторий, мол, отвергает Богородицу: значит, он повторяет Павла Самосатского, из Христа делает только человека. А это – уступка язычеству, измена народу и вере, подарок врагам, ненавистным готам, «принявшим Ариево зловерие». Отсюда страстность борьбы и необычайный успех противника Нестория, Кирилла. Это был не только вождь православия, но епископ-националист, отстаивавший народность от затопления варварством.

Волнения и смуты, возбуждаемые новым учением, не ограничились одним Константинополем. По мере того, как Несторий произносил свои беседы в разъяснение и оправдание своего учения, они немедленно публиковались и рассылались по всем направлениям, и повсюду, куда они доходили, возникали такие же горячие споры и раздоры, как в столице. В Антиохии и вообще в Сирии очень многие приняли сторону Нестория. Но в Александрии и в Риме несторианство встретило сильное противодействие.