Мистицизм иудейской кабалистики предстает в двух различных течениях. Умозрительная каббала представляла собой философию, изучавшую отношения между духовным и земным мирами. Практическая каббала искала способы заставить духовную энергию действовать в физическом мире. Конечной ее целью было восстановление гармонии мира, оскверненного Злом, поражение которого будет означать наступление мессианского Царства Божия. Каббалисты мыслили себя, таким образом, соучастниками завершения божественного творения. Наиболее раннее мистическое сочинение, приписываемое рабби Акиве, – это «Сефер йецира» («Книга творения»), где описывались 32 сокровенных пути творения, посредством которых Бог сотворил мир (инструментами творения выступали 22 буквы еврейского алфавита и 10 сефирот – «чисел»). С появлением «Зогара» («Книги сияний», ок. 1300 г.), творения Моше де Леона, учение каббалы достигло наивысшего расцвета. Эта «библия каббалистов», составленная в форме комментариев к Пятикнижию, синтезировала важнейшие темы размышлений того времени. «Зогар» послужил основой мысли крупнейших каббалистов школы города Цфата в Палестине в XVI в.
В иудаизме появляются и секты. Из четырех сект, упоминаемых Иосифом Флавием, еврейским полководцем и историком I в. н.э., автором «Истории Иудейской войны» и «Иудейских древностей», саддукеи представляли священническую аристократию, экономически сильную и проводившую обряды в Храме. Будучи консерваторами, они придерживались буквального толкования Завета и отметали всякое развитие богословской мысли (обновление устного закона, ангелологию). В политическом плане они без колебаний выступали за сотрудничество с Римом. Напротив, фарисеи, упоминаемые в Евангелиях, были знатоками Закона, раввинами, специалистами по библейским текстам, привычными к их толкованию. Они обучали Торе в синагогах и имели большое влияние на евреев Палестины. Ортодоксы в практике, они в плане учения были открыты для новшеств. После разрушения Второго Храма, учение фарисеев стало официальным выражением иудаизма.
Однако в результате великого рассеяния в Палестине осталось лишь несколько центров, которые занимались фиксацией устной традиции (будущий Иерусалимский Талмуд), духовный центр иудаизма переместился в Вавилонию. Древние и богатые вавилонские общины, выполнившие основную часть труда по составлению Вавилонского Талмуда, расцвели в начале VII в. после арабских завоеваний. Политическое объединение, произведенное халифами, позволило гаонам – главам двух больших иешив в Суре и Пумбедите (в Вавилонии) – распространить свою духовную и религиозную власть на всех иудеев Арабского халифата. Гаон Саадия (882/892–942), лидер вавилонских иудеев, был одним из крупнейших деятелей этой эпохи. В своем труде «Книга верований и мнений» он предвосхитил средневековую иудаистическую философию. Распад Арабского халифата привел к упадку вавилонского центра иудаизма.